Core Dataで、Lightweight Migration で済む場合、アプリが持つManaged Object Modelは最新の一つだけでよいようです。
つまり、次のように、複数のモデルを持つ必要がありません。
xcdatamodeldに最新のバージョンのxcdatamodelだけを持つか、単純にxcdatamodelを単独で持てばよいでしょう。
Model Caching
developer.apple.com (18:17あたりから)
iOS 9から、Core Dataのsqliteファイルにモデル情報が保存されるようになっているとのこと。Lightweight Migration時は、sqliteファイルに入っているmodelがsourceとして利用されるので、アプリには最新のdestination modelだけがあればよいわけです。
sqliteファイルを覗いてみたところ、Z_METADATAというテーブルにblobでbplistが入ってました。おそらく、ManagedObjectModelをアーカイブしたものでしょう。
